Mapy fizyczne i sekwencja DNA ...

Mapy fizyczne i sekwencja DNA genomu, MOJE STUDIA Toksykologia i Mikrobiologia środowiska (Ochrona Środowiska - ...

[ Pobierz całość w formacie PDF ]
Mapa fizyczna i sekwencja DNA genomu
1. Mapowanie restrykcyjne.
2. Sondy do rozpoznawania DNA
3. FISH
4. STS
5. Odczytanie sekwencji DNA
6. Interpretacja sekwencji DNA genomu
7. Transkryptom
8. Proteom
Celem mapowania fizycznego
jest uzyskanie informacji, najlepiej z dokładnością co
do jednej zasady, gdzie w genomie umiejscowiony jest interesujÄ…cy nas element
(gen, promotor, mutacja punktowa, profag, etc.)
PoniŜej jest przykład mapy chromosomu droŜdŜy, pokazujący cały chromosom z
centromerem (czarne koło) i powiększony wycinek (koordynaty: 106167-126970) z
zawartymi w nim genami. Tak dokładne mapy powstają po dokładnym poznaniu
sekwencji DNA. Wstępne mapowanie bywa często tylko przybliŜone.
1. Mapy restrykcyjne
Mapowanie restrykcyjne moŜe polegać na
strawieniu odcinka DNA dwoma enzymami
osobno i razem. Po rozdzieleniu
elektroforetycznym, z otrzymanych
fragmentów układamy mapę odcinka.
W rzeczywistości jest to zmapowanie tylko
miejsc restrykcyjnych z dokładnością do
kilkudziesięciu par zasad (bo taka jest
dokładność elektroforezy). Układ takich
miejsc jest zazwyczaj unikatowy, dlatego
profil restrykcji jest znakiem rozpoznawczym
danego odcinka genomu.
1. Mapy restrykcyjne
Mapowanie restrykcyjne daje najlepsze
wyniki dla stosunkowo krótkich odcinków
DNA, poniŜej 50 kB, bo większe odcinki się
zlewajÄ…
Gdy pozwolimy na pulsowanie pola
elektrycznego, nawet tak długie odcinki jak
2Mb mogą być rozdzielone. MoŜna w ten
sposób rozdzielić wszystkie 16
chromosomów droŜdŜy (nie pocięte) lub
odnaleźć YAC.
2. Sondy do rozpoznawania DNA
MoŜemy mieć informację o interesującym nas genie, sklonowaliśmy go lub poznaliśmy
choćby częściowo jego sekwencję, a nie znamy jego miejsca na chromosomie.
Posiadana informacja moŜe posłuŜyć do skonstruwanaia
sondy
(ang. probe).
Sondy DNA - s
Ä…
to wyznakowane (fluoroscencyjnie lub izotopowo) fragmenty DNA,
które rozpoznaj
Ä…
i wi
ąŜą
siÄ™ z tylko
Å›
ci
Å›
le specyficznymi odcinkami badanego DNA.
Istota wiÄ…zania jest odnalezienie jednoniciowego DNA o sekwencji komplementarnej
do sondy.
Sondy takie mog
Ä…
by
ć
:
- otrzymane na bazie badanego mRNA, czyli s
Ä…
wyznakowanym cDNA
- wyznakowanymi fragmenty homologicznych genów znanych z innych organizmów
- sztucznie zsyntetyzowane na podstawie sekwencji aminokwasów badanego
bia
Å‚
ka: -aa – aa – aa – aa – Tyr – Met – His – aa – aa – aa –
kodony
TAC ATG CAC
lub inne
TAT CAT
[ Pobierz całość w formacie PDF ]

zanotowane.pl

doc.pisz.pl

pdf.pisz.pl

mement.xlx.pl